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Showing metabocard for Gemcitabine (HMDB0014584)
Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Version | 4.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Expected but not Quantified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creation Date | 2012-09-06 15:16:49 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Update Date | 2020-02-26 21:39:56 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HMDB ID | HMDB0014584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary Accession Numbers |
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Metabolite Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Common Name | Gemcitabine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Gemcitabine, also known as dfdcyd or 2',2'-DFDC, belongs to the class of organic compounds known as pyrimidine 2'-deoxyribonucleosides. Pyrimidine 2'-deoxyribonucleosides are compounds consisting of a pyrimidine linked to a ribose which lacks a hydroxyl group at position 2. Gemcitabine is a drug. Gemcitabine is an extremely weak basic (essentially neutral) compound (based on its pKa). Within humans, gemcitabine participates in a number of enzymatic reactions. In particular, gemcitabine can be biosynthesized from gemcitabine monophosphate through its interaction with the enzyme 5'(3')-deoxyribonucleotidase, cytosolic type. In addition, gemcitabine can be converted into gemcitabine monophosphate through its interaction with the enzyme deoxycytidine kinase. In humans, gemcitabine is involved in gemcitabine action pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms |
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Chemical Formula | C9H11F2N3O4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Average Molecular Weight | 263.1981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Monoisotopic Molecular Weight | 263.071762265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name | 4-amino-1-[(2R,4R,5R)-3,3-difluoro-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1,2-dihydropyrimidin-2-one | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional Name | gemcitabine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAS Registry Number | 95058-81-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES | NC1=NC(=O)N(C=C1)[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1(F)F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Identifier | InChI=1S/C9H11F2N3O4/c10-9(11)6(16)4(3-15)18-7(9)14-2-1-5(12)13-8(14)17/h1-2,4,6-7,15-16H,3H2,(H2,12,13,17)/t4-,6-,7-/m1/s1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key | SDUQYLNIPVEERB-QPPQHZFASA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | belongs to the class of organic compounds known as pyrimidine 2'-deoxyribonucleosides. Pyrimidine 2'-deoxyribonucleosides are compounds consisting of a pyrimidine linked to a ribose which lacks a hydroxyl group at position 2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Nucleosides, nucleotides, and analogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Pyrimidine nucleosides | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Pyrimidine 2'-deoxyribonucleosides | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | Pyrimidine 2'-deoxyribonucleosides | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents |
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Substituents |
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Molecular Framework | Aromatic heteromonocyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors |
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Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disposition | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Role | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
State | Solid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Properties |
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Predicted Properties |
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Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Locations |
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Biospecimen Locations |
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Tissue Locations | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Normal Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Abnormal Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Associated Disorders and Diseases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease References | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Associated OMIM IDs | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DrugBank ID | DB00441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenol Explorer Compound ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FooDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KNApSAcK ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemspider ID | 54753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG Compound ID | C07650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BioCyc ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BiGG ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Wikipedia Link | Gemcitabine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
METLIN ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PubChem Compound | 60750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ChEBI ID | 175901 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Food Biomarker Ontology | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VMH ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MarkerDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synthesis Reference | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Material Safety Data Sheet (MSDS) | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
General References |
|
Enzymes
- General function:
- Involved in ATP binding
- Specific function:
- Catalyzes specific phosphoryl transfer from ATP to UMP and CMP.
- Gene Name:
- CMPK1
- Uniprot ID:
- P30085
- Molecular weight:
- 20180.12
References
- Vernejoul F, Ghenassia L, Souque A, Lulka H, Drocourt D, Cordelier P, Pradayrol L, Pyronnet S, Buscail L, Tiraby G: Gene therapy based on gemcitabine chemosensitization suppresses pancreatic tumor growth. Mol Ther. 2006 Dec;14(6):758-67. Epub 2006 Sep 25. [PubMed:17000136 ]
- Hsu CH, Liou JY, Dutschman GE, Cheng YC: Phosphorylation of Cytidine, Deoxycytidine, and Their Analog Monophosphates by Human UMP/CMP Kinase Is Differentially Regulated by ATP and Magnesium. Mol Pharmacol. 2005 Mar;67(3):806-14. Epub 2004 Nov 18. [PubMed:15550676 ]
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- Lam W, Leung CH, Bussom S, Cheng YC: The impact of hypoxic treatment on the expression of phosphoglycerate kinase and the cytotoxicity of troxacitabine and gemcitabine. Mol Pharmacol. 2007 Sep;72(3):536-44. Epub 2007 Jun 12. [PubMed:17565005 ]
- General function:
- Involved in ATP binding
- Specific function:
- Required for the phosphorylation of the deoxyribonucleosides deoxycytidine (dC), deoxyguanosine (dG) and deoxyadenosine (dA). Has broad substrate specificity, and does not display selectivity based on the chirality of the substrate. It is also an essential enzyme for the phosphorylation of numerous nucleoside analogs widely employed as antiviral and chemotherapeutic agents.
- Gene Name:
- DCK
- Uniprot ID:
- P27707
- Molecular weight:
- 30518.315
References
- Wong A, Soo RA, Yong WP, Innocenti F: Clinical pharmacology and pharmacogenetics of gemcitabine. Drug Metab Rev. 2009;41(2):77-88. doi: 10.1080/03602530902741828. [PubMed:19514966 ]
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- General function:
- Involved in oxidation reduction
- Specific function:
- Provides the precursors necessary for DNA synthesis. Catalyzes the biosynthesis of deoxyribonucleotides from the corresponding ribonucleotides.
- Gene Name:
- RRM1
- Uniprot ID:
- P23921
- Molecular weight:
- 90069.375
References
- Kwon WS, Rha SY, Choi YH, Lee JO, Park KH, Jung JJ, Kim TS, Jeung HC, Chung HC: Ribonucleotide reductase M1 (RRM1) 2464G>A polymorphism shows an association with gemcitabine chemosensitivity in cancer cell lines. Pharmacogenet Genomics. 2006 Jun;16(6):429-38. [PubMed:16708051 ]
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- Cerqueira NM, Fernandes PA, Ramos MJ: Understanding ribonucleotide reductase inactivation by gemcitabine. Chemistry. 2007;13(30):8507-15. [PubMed:17636467 ]
- General function:
- Involved in thymidylate synthase activity
- Specific function:
- Contributes to the de novo mitochondrial thymidylate biosynthesis pathway.
- Gene Name:
- TYMS
- Uniprot ID:
- P04818
- Molecular weight:
- 35715.65
References
- Rosell R, Taron M, Sanchez JM, Moran T, Reguart N, Besse B, Isla D, Massuti B, Alberola V, Sanchez JJ: The promise of pharmacogenomics: gemcitabine and pemetrexed. Oncology (Williston Park). 2004 Nov;18(13 Suppl 8):70-6. [PubMed:15655942 ]
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- Giovannetti E, Mey V, Nannizzi S, Pasqualetti G, Del Tacca M, Danesi R: Pharmacogenetics of anticancer drug sensitivity in pancreatic cancer. Mol Cancer Ther. 2006 Jun;5(6):1387-95. [PubMed:16818496 ]
- Chen X, Ji ZL, Chen YZ: TTD: Therapeutic Target Database. Nucleic Acids Res. 2002 Jan 1;30(1):412-5. [PubMed:11752352 ]
- General function:
- Involved in zinc ion binding
- Specific function:
- This enzyme scavenge exogenous and endogenous cytidine and 2'-deoxycytidine for UMP synthesis.
- Gene Name:
- CDA
- Uniprot ID:
- P32320
- Molecular weight:
- 16184.545
References
- Giovannetti E, Laan AC, Vasile E, Tibaldi C, Nannizzi S, Ricciardi S, Falcone A, Danesi R, Peters GJ: Correlation between cytidine deaminase genotype and gemcitabine deamination in blood samples. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2008 Jun;27(6):720-5. doi: 10.1080/15257770802145447. [PubMed:18600531 ]
- Gusella M, Pasini F, Bolzonella C, Meneghetti S, Barile C, Bononi A, Toso S, Menon D, Crepaldi G, Modena Y, Stievano L, Padrini R: Equilibrative nucleoside transporter 1 genotype, cytidine deaminase activity and age predict gemcitabine plasma clearance in patients with solid tumours. Br J Clin Pharmacol. 2011 Mar;71(3):437-44. doi: 10.1111/j.1365-2125.2010.03838.x. [PubMed:21284703 ]
- Wong A, Soo RA, Yong WP, Innocenti F: Clinical pharmacology and pharmacogenetics of gemcitabine. Drug Metab Rev. 2009;41(2):77-88. doi: 10.1080/03602530902741828. [PubMed:19514966 ]
Transporters
- General function:
- Involved in ATP binding
- Specific function:
- Energy-dependent efflux pump responsible for decreased drug accumulation in multidrug-resistant cells
- Gene Name:
- ABCB1
- Uniprot ID:
- P08183
- Molecular weight:
- 141477.3
References
- Bergman AM, Pinedo HM, Talianidis I, Veerman G, Loves WJ, van der Wilt CL, Peters GJ: Increased sensitivity to gemcitabine of P-glycoprotein and multidrug resistance-associated protein-overexpressing human cancer cell lines. Br J Cancer. 2003 Jun 16;88(12):1963-70. [PubMed:12799644 ]
- General function:
- Involved in nucleoside transmembrane transporter activity
- Specific function:
- Mediates both influx and efflux of nucleosides across the membrane (equilibrative transporter). It is sensitive (ES) to low concentrations of the inhibitor nitrobenzylmercaptopurine riboside (NBMPR) and is sodium-independent. It has a higher affinity for adenosine. Inhibited by dipyridamole and dilazep (anticancer chemotherapeutics drugs)
- Gene Name:
- SLC29A1
- Uniprot ID:
- Q99808
- Molecular weight:
- 50218.8
References
- Santini D, Vincenzi B, Fratto ME, Perrone G, Lai R, Catalano V, Cass C, Ruffini PA, Spoto C, Muretto P, Rizzo S, Muda AO, Mackey JR, Russo A, Tonini G, Graziano F: Prognostic role of human equilibrative transporter 1 (hENT1) in patients with resected gastric cancer. J Cell Physiol. 2010 May;223(2):384-8. doi: 10.1002/jcp.22045. [PubMed:20082300 ]