You are using an unsupported browser. Please upgrade your browser to a newer version to get the best experience on Human Metabolome Database.
Showing metabocard for Isovaleryl-CoA (HMDB0001113)
| Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Version | 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Status | Expected but not Quantified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Creation Date | 2005-11-16 15:48:42 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Update Date | 2021-09-14 14:59:50 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HMDB ID | HMDB0001113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Secondary Accession Numbers |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metabolite Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Common Name | Isovaleryl-CoA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description | Isovaleryl-CoA is an intermediate metabolite in the catabolic pathway of leucine. The accumulation of derivatives of isovaleryl-CoA occurs in patients affected with isovaleric acidemia (IVA, OMIM: 243500 ), an autosomal recessive inborn error of leucine metabolism caused by a deficiency of the mitochondrial enzyme isovaleryl-CoA dehydrogenase (IVD, EC 1.3.99.10), a flavoenzyme that catalyzes the conversion of isovaleryl-CoA into 3-methylcrotonyl-CoA. IVA was the first organic acidemia recognized in humans and can cause significant morbidity and mortality. Early diagnosis and treatment with a protein-restricted diet and supplementation with carnitine and glycine are effective in promoting normal development in severely affected individuals. Both intra- and interfamilial variability have been recognized. Initially, two phenotypes with either an acute neonatal or a chronic intermittent presentation were described. More recently, a third group of individuals with mild biochemical abnormalities who can be asymptomatic have been identified through newborn screening of blood spots by tandem mass spectrometry. The majority of patients with IVA today are diagnosed pre-symptomatically through newborn screening by use of MS/MS which reveals elevations of the marker metabolite C5 acylcarnitine in dried blood spots. C5 Acylcarnitine represents a mixture of isomers (isovalerylcarnitine, 2-methylbutyrylcarnitine, and pivaloylcarnitine) (PMID: 16602101 ). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | Structure for HMDB0001113 (Isovaleryl-CoA)
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Synonyms |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chemical Formula | C26H44N7O17P3S | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Average Molecular Weight | 851.651 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Monoisotopic Molecular Weight | 851.172723243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IUPAC Name | (2R)-4-({[({[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl)oxy](hydroxy)phosphoryl}oxy)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-N-[2-({2-[(3-methylbutanoyl)sulfanyl]ethyl}-C-hydroxycarbonimidoyl)ethyl]butanimidic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Traditional Name | (2R)-4-[({[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]methoxy(hydroxy)phosphoryl}oxy(hydroxy)phosphoryl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethyl-N-[2-({2-[(3-methylbutanoyl)sulfanyl]ethyl}-C-hydroxycarbonimidoyl)ethyl]butanimidic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CAS Registry Number | 6244-91-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMILES | CC(C)CC(=O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[C@H](O)C(C)(C)COP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1OP(O)(O)=O)N1C=NC2=C1N=CN=C2N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InChI Identifier | InChI=1S/C26H44N7O17P3S/c1-14(2)9-17(35)54-8-7-28-16(34)5-6-29-24(38)21(37)26(3,4)11-47-53(44,45)50-52(42,43)46-10-15-20(49-51(39,40)41)19(36)25(48-15)33-13-32-18-22(27)30-12-31-23(18)33/h12-15,19-21,25,36-37H,5-11H2,1-4H3,(H,28,34)(H,29,38)(H,42,43)(H,44,45)(H2,27,30,31)(H2,39,40,41)/t15-,19-,20-,21+,25-/m1/s1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InChI Key | UYVZIWWBJMYRCD-ZMHDXICWSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description | Belongs to the class of organic compounds known as acyl coas. These are organic compounds containing a coenzyme A substructure linked to an acyl chain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Super Class | Lipids and lipid-like molecules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Class | Fatty Acyls | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sub Class | Fatty acyl thioesters | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Direct Parent | Acyl CoAs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative Parents |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Substituents |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Framework | Aromatic heteropolycyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Descriptors |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disposition | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Process | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Role | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| State | Solid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Molecular Properties |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Predicted Molecular Properties |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Predicted Spectral Properties | Collision Cross Sections
Retention IndicesUnderivatizedNot Available DerivatizedNot Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LC-MS/MS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cellular Locations |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biospecimen Locations | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tissue Locations | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathways |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Normal Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Abnormal Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Associated Disorders and Diseases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disease References | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Associated OMIM IDs | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phenol Explorer Compound ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FooDB ID | FDB022430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KNApSAcK ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chemspider ID | 145017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG Compound ID | C02939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc ID | ISOVALERYL-COA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BiGG ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikipedia Link | Isovaleryl-CoA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| METLIN ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubChem Compound | 165435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChEBI ID | 15487 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Food Biomarker Ontology | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VMH ID | IVCOA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MarkerDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Synthesis Reference | Valentin, Henry E.; Steinbuechel, Alexander. Application of enzymically synthesized short-chain-length hydroxy fatty acid coenzyme A thioesters for assay of polyhydroxyalkanoic acid synthases. Applied Microbiology and Biotechnology (1994), 40(5), 699-709. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Material Safety Data Sheet (MSDS) | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| General References |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Only showing the first 10 proteins. There are 112 proteins in total.
Enzymes
- General function:
- Involved in transferase activity, transferring acyl groups other than amino-acyl groups
- Specific function:
- Abolishes BNIP3-mediated apoptosis and mitochondrial damage.
- Gene Name:
- ACAA2
- Uniprot ID:
- P42765
- Molecular weight:
- 41923.82
- General function:
- Involved in transferase activity, transferring acyl groups other than amino-acyl groups
- Specific function:
- Not Available
- Gene Name:
- ACAA1
- Uniprot ID:
- P09110
- Molecular weight:
- 34664.46
- General function:
- Involved in transferase activity, transferring acyl groups other than amino-acyl groups
- Specific function:
- Not Available
- Gene Name:
- HADHB
- Uniprot ID:
- P55084
- Molecular weight:
- 51293.955
- General function:
- Involved in oxidoreductase activity
- Specific function:
- Plays a role in valine and pyrimidine metabolism. Binds fatty acyl-CoA.
- Gene Name:
- ALDH6A1
- Uniprot ID:
- Q02252
- Molecular weight:
- 57839.31
- General function:
- Involved in acyl-CoA dehydrogenase activity
- Specific function:
- Not Available
- Gene Name:
- ACADL
- Uniprot ID:
- P28330
- Molecular weight:
- 47655.275
- General function:
- Involved in acyl-CoA dehydrogenase activity
- Specific function:
- Not Available
- Gene Name:
- ACADS
- Uniprot ID:
- P16219
- Molecular weight:
- 44296.705
- General function:
- Involved in acyl-CoA dehydrogenase activity
- Specific function:
- Catalyzes the desaturation of acyl-CoAs to 2-trans-enoyl-CoAs. Isoform 1 shows highest activity against medium-chain fatty acyl-CoAs and activity decreases with increasing chain length. Isoform 2 is active against a much broader range of substrates and shows activity towards very long-chain acyl-CoAs. Isoform 2 is twice as active as isoform 1 against 16-hydroxy-palmitoyl-CoA and is 25% more active against 1,16-hexadecanodioyl-CoA.
- Gene Name:
- ACOX1
- Uniprot ID:
- Q15067
- Molecular weight:
- 70135.205
- General function:
- Involved in acyl-CoA dehydrogenase activity
- Specific function:
- Oxidizes the CoA esters of the bile acid intermediates di- and tri-hydroxycholestanoic acids.
- Gene Name:
- ACOX2
- Uniprot ID:
- Q99424
- Molecular weight:
- 76826.14
- General function:
- Involved in acyl-CoA dehydrogenase activity
- Specific function:
- Not Available
- Gene Name:
- IVD
- Uniprot ID:
- P26440
- Molecular weight:
- 43055.325
Reactions
| Isovaleryl-CoA + electron-transfer flavoprotein → 3-Methylcrotonyl-CoA + reduced electron-transfer flavoprotein | details |
| Isovaleryl-CoA + FAD → 3-Methylcrotonyl-CoA + FADH | details |
Transporters
- General function:
- Lipid transport and metabolism
- Specific function:
- Involved in translocation of long-chain fatty acids (LFCA) across the plasma membrane. The LFCA import appears to be hormone-regulated in a tissue-specific manner. In adipocytes, but not myocytes, insulin induces a rapid translocation of FATP1 from intracellular compartments to the plasma membrane, paralleled by increased LFCA uptake. May act directly as a bona fide transporter, or alternatively, in a cytoplasmic or membrane- associated multimeric protein complex to trap and draw fatty acids towards accumulation. Plays a pivotal role in regulating available LFCA substrates from exogenous sources in tissues undergoing high levels of beta-oxidation or triglyceride synthesis. May be involved in regulation of cholesterol metabolism. Has acyl-CoA ligase activity for long-chain and very-long-chain fatty acids
- Gene Name:
- SLC27A1
- Uniprot ID:
- Q6PCB7
- Molecular weight:
- 71107.5
Only showing the first 10 proteins. There are 112 proteins in total.