Showing metabocard for Ganglioside GM1 (d18:1/24:0) (HMDB0004863)
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| Version | 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Status | Expected but not Quantified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Creation Date | 2005-11-16 15:48:42 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Update Date | 2022-11-30 19:02:44 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HMDB ID | HMDB0004863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Secondary Accession Numbers |
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| Metabolite Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Common Name | Ganglioside GM1 (d18:1/24:0) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description | Ganglioside GM1 (d18:1/24:0) is a glycosphingolipid (ceramide and oligosaccharide)or oligoglycosylceramide with one or more sialic acids (i.e. n-acetylneuraminic acid) linked on the sugar chain. It is a component the cell plasma membrane which modulates cell signal transduction events. Gangliosides have been found to be highly important in immunology. Ganglioside GM1 carries a net-negative charge at pH 7.0 and is acidic. Gangliosides can amount to 6% of the weight of lipids from brain, but they are found at low levels in all animal tissues. Gangliosides are glycosphingolipids. There are four types of glycosphingolipids, the cerebrosides, sulfatides, globosides and gangliosides. Gangliosides are very similar to globosides except that they also contain N-acetyl neuraminic acid (NANA) in varying amounts. The specific names for the gangliosides provide information about their structure. The letter G refers to ganglioside, and the subscripts M, D, T and Q indicate that the molecule contains mono-, di-, tri and quatra-sialic acid. The numbered subscripts 1, 2 and 3 refer to the carbohydrate sequence that is attached to the ceramide. In particular, 1 stands for GalGalNAcGalGlc-ceramide, 2 stands for GalNAcGalGlc-ceramide and 3 stands for GalGlc-ceramide. Deficiencies in lysosomal enzymes that degrade the carbohydrate portions of various gangliosides are responsible for a number of lysosomal storage diseases such as Tay-Sachs disease, Sandhoff disease, and GM1 gangliosidosis. The carbohydrate portion of the ganglioside GM1 is the site of attachment of cholera toxin, the protein secreted by Vibrio cholerae. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | Structure for HMDB0004863 (Ganglioside GM1 (d18:1/24:0))
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| Synonyms |
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| Chemical Formula | C79H143N3O31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Average Molecular Weight | 1630.9822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Monoisotopic Molecular Weight | 1629.970554873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IUPAC Name | (2S,4S,5R)-2-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-2-{[(2R,3S,4R,6R)-4,5-dihydroxy-6-{[(2S,3R,4E)-3-hydroxy-2-tetracosanamidooctadec-4-en-1-yl]oxy}-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxy}-5-{[(2S,3R,4R,5R,6R)-3-acetamido-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)-4-{[(2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy}oxan-2-yl]oxy}-3-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy}-5-acetamido-4-hydroxy-6-[(1S,2S)-1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Traditional Name | (2S,4S,5R)-2-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-2-{[(2R,3S,4R,6R)-4,5-dihydroxy-6-{[(2S,3R,4E)-3-hydroxy-2-tetracosanamidooctadec-4-en-1-yl]oxy}-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxy}-5-{[(2S,3R,4R,5R,6R)-3-acetamido-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)-4-{[(2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy}oxan-2-yl]oxy}-3-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy}-5-acetamido-4-hydroxy-6-[(1S,2S)-1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CAS Registry Number | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMILES | CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)N[C@@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@@H]4O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]4O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H](O[C@@]3(C[C@H](O)[C@@H](NC(C)=O)C(O3)[C@@H](O)[C@@H](O)CO)C(O)=O)[C@H]2O)[C@H](O)C1O)[C@H](O)\C=C\CCCCCCCCCCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InChI Identifier | InChI=1S/C79H143N3O31/c1-5-7-9-11-13-15-17-19-20-21-22-23-24-25-26-28-30-32-34-36-38-40-58(93)82-50(51(90)39-37-35-33-31-29-27-18-16-14-12-10-8-6-2)47-104-75-67(100)65(98)69(56(45-86)107-75)109-77-68(101)73(113-79(78(102)103)41-52(91)59(80-48(3)88)72(112-79)61(94)53(92)42-83)70(57(46-87)108-77)110-74-60(81-49(4)89)71(63(96)55(44-85)105-74)111-76-66(99)64(97)62(95)54(43-84)106-76/h37,39,50-57,59-77,83-87,90-92,94-101H,5-36,38,40-47H2,1-4H3,(H,80,88)(H,81,89)(H,82,93)(H,102,103)/b39-37+/t50-,51+,52-,53-,54+,55+,56+,57+,59+,60+,61-,62-,63-,64-,65+,66+,67?,68+,69+,70-,71+,72?,73+,74-,75+,76-,77-,79-/m0/s1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InChI Key | BQYSWDAYQYMAJC-PNOBQOFGSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description | Belongs to the class of organic compounds known as galnacb1-4galb1-4glc- (ganglio series). These are neutral glycosphingolipids in which the root sequence is GalNAcb1-4Galb1-4Glc. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Super Class | Lipids and lipid-like molecules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Class | Sphingolipids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sub Class | Glycosphingolipids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Direct Parent | GalNAcb1-4Galb1-4Glc- (Ganglio series) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative Parents |
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| Substituents |
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| Molecular Framework | Aliphatic heteromonocyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Descriptors | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Physiological effect | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disposition | Biological location
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| Process | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Role | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| State | Solid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Molecular Properties |
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| Experimental Chromatographic Properties | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Predicted Molecular Properties |
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| Predicted Chromatographic Properties | Predicted Kovats Retention IndicesNot Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MS/MS Spectra
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| Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cellular Locations |
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| Biospecimen Locations | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tissue Locations |
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| Pathways |
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| Normal Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Abnormal Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Associated Disorders and Diseases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disease References | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Associated OMIM IDs | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phenol Explorer Compound ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FooDB ID | FDB023463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KNApSAcK ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chemspider ID | 16744879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG Compound ID | C04911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BiGG ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikipedia Link | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| METLIN ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubChem Compound | 20057303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChEBI ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Food Biomarker Ontology | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VMH ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MarkerDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Good Scents ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Synthesis Reference | Mikhalyov, I. I.; Molotkovsky, Jul. G. Synthesis and characteristics of fluorescent BODIPY-labeled gangliosides. Russian Journal of Bioorganic Chemistry (Translation of Bioorganicheskaya Khimiya) (2003), 29(2), 168-174. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Material Safety Data Sheet (MSDS) | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| General References |
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Only showing the first 10 proteins. There are 52 proteins in total.
Enzymes
- General function:
- Involved in sialyltransferase activity
- Specific function:
- Involved in the production of gangliosides GD3 and GT3 from GM3; gangliosides are a subfamily of complex glycosphinglolipds that contain one or more residues of sialic acid.
- Gene Name:
- ST8SIA1
- Uniprot ID:
- Q92185
- Molecular weight:
- 40518.655
- General function:
- Involved in exo-alpha-sialidase activity
- Specific function:
- Hydrolyzes sialylated compounds.
- Gene Name:
- NEU2
- Uniprot ID:
- Q9Y3R4
- Molecular weight:
- Not Available
- General function:
- Involved in exo-alpha-sialidase activity
- Specific function:
- Plays a role in modulating the ganglioside content of the lipid bilayer at the level of membrane-bound sialyl glycoconjugates
- Gene Name:
- NEU3
- Uniprot ID:
- Q9UQ49
- Molecular weight:
- 48251.5
- General function:
- Involved in exo-alpha-sialidase activity
- Specific function:
- May function in lysosomal catabolism of sialylated glycoconjugates. Has sialidase activity towards synthetic substrates, such as 2'-(4-methylumbelliferyl)-alpha-D-N-acetylneuraminic acid (4-MU-NANA or 4MU-NeuAc). Has a broad substrate specificity being active on glycoproteins, oligosaccharides and sialylated glycolipids.
- Gene Name:
- NEU4
- Uniprot ID:
- Q8WWR8
- Molecular weight:
- Not Available
- General function:
- Involved in hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
- Specific function:
- LPH splits lactose in the small intestine.
- Gene Name:
- LCT
- Uniprot ID:
- P09848
- Molecular weight:
- 218584.77
- General function:
- Involved in transferase activity, transferring hexosyl groups
- Specific function:
- Catalyzes the formation of some glycolipid via the addition of N-acetylgalactosamine (GalNAc) in alpha-1,3-linkage to some substrate. Glycolipids probably serve for adherence of some pathogens
- Gene Name:
- GBGT1
- Uniprot ID:
- Q8N5D6
- Molecular weight:
- 40126.9
- General function:
- Involved in N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol de
- Specific function:
- Involved in the second step of GPI biosynthesis. De-N-acetylation of N-acetylglucosaminyl-phosphatidylinositol.
- Gene Name:
- PIGL
- Uniprot ID:
- Q9Y2B2
- Molecular weight:
- 28530.965
- General function:
- Involved in sialyltransferase activity
- Specific function:
- Catalyzes the formation of ganglioside GM3 (alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-beta-D-galactosyl-1, 4-beta-D-glucosylceramide).
- Gene Name:
- ST3GAL5
- Uniprot ID:
- Q9UNP4
- Molecular weight:
- 45584.69
- General function:
- Involved in hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
- Specific function:
- Cleaves beta-linked terminal galactosyl residues from gangliosides, glycoproteins, and glycosaminoglycans. Isoform 2 has no beta-galactosidase catalytic activity, but plays functional roles in the formation of extracellular elastic fibers (elastogenesis) and in the development of connective tissue. Seems to be identical to the elastin-binding protein (EBP), a major component of the non-integrin cell surface receptor expressed on fibroblasts, smooth muscle cells, chondroblasts, leukocytes, and certain cancer cell types. In elastin producing cells, associates with tropoelastin intracellularly and functions as a recycling molecular chaperone which facilitates the secretions of tropoelastin and its assembly into elastic fibers.
- Gene Name:
- GLB1
- Uniprot ID:
- P16278
- Molecular weight:
- Not Available
- General function:
- Involved in phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase activity
- Specific function:
- Part of the complex catalyzing the transfer of N-acetylglucosamine from UDP-N-acetylglucosamine to phosphatidylinositol, the first step of GPI biosynthesis.
- Gene Name:
- PIGQ
- Uniprot ID:
- Q9BRB3
- Molecular weight:
- 65343.25
Only showing the first 10 proteins. There are 52 proteins in total.